Auch wenn man sich heute modernster Produktionsmethoden bedient, hat sich die Herstellung von Knäckebrot in den letzten 500 Jahren im Grunde wenig verändert. Zunächst wird Vollkornmehl mit Wasser (alternativ: Milch), Salz und je nach Knäckebrotsorte Hefe, speziellen Gewürzen oder anderen Zutaten zu einem relativ weichen Teig verarbeitet.Für die nun folgende Teiglockerung gibt es zwei Verfahren: Bei
Kaltbrot wird die Lockerung durch Kaltluft bewirkt. Dazu kühlt man den Teig auf nahezu 0 °C ab und lockert ihn durch Einschlagen der kalten Luft. Dieses Verfahren wird vor allem für dünne, mürbe Brote wie z.B. Milch- und helles Roggenknäckebrot angewandt. Bei
Warmbrot sorgen die Zugabe von Hefe und die anschließende Gärung im Warmen für die gewünschte Lockerung und eine Volumensteigerung des Teiges. Nachdem der Teig einige Minuten geknetet wurde, lässt man ihn für zwei Stunden ruhen; eine Nachgärung von etwa 45 Minuten erfolgt zu einem späteren Zeitpunkt der Produktion auf so genannten Gärstraßen. Vollkornmehl bietet im Vergleich zu Auszugsmehl mehr lösliche Nährstoffe und ist somit ein idealer Nährboden für die Hefeorganismen. Am Ende des Gärvorgangs ist der Teig daher bestens gelockert und hat sein Volumen verdoppelt. Aus dem Warmbrot-Verfahren gehen die dicken Knäckebrotsorten wie Sesam- oder dunkles Vollkorn-Knäckebrot hervor.
Als nächster Arbeitsschritt steht das Formen an: Der Knäckebrotteig wird dabei zwischen speziellen Formwalzen flach gedrückt, wobei Teigstreifen von etwa eineinhalb Meter Breite entstehen. Für das typische Lochmuster sorgen automatische Zapfenwalzen. Beide Vorgänge dienen dem Ziel, die Teigoberfläche zu vergrößern, was beim Backen eine besonders starke Hitzeeinwirkung auf den gesamten Teig und eine sehr kurze Backzeit ermöglicht (lediglich sieben Minuten). In den Produktionsstätten kommen Durchfahröfen zum Einsatz, die das Backgut auf Rasterbändern durchfährt. Die Temperatur liegt zu Beginn des Backprozesses kurz bei 300 °C und wird dann auf 200 °C abgesenkt. Da die Temperatur im Teig nie 100 °C überschreitet, werden die Qualitätseinbußen bei den Vitaminen und beim Getreideeiweiß sehr niedrig gehalten.